El CIBERNED se organiza en 6 áreas temáticas que recogen las diferentes patologías neurodegenerativas. La distribución de áreas muestra el compromiso del CIBERNED con el estímulo a la investigación traslacional y la obtención de conocimiento científico que resulte en la mejora de la prevención, diagnóstico y tratamiento de las enfermedades neurodegenerativas. Todo ello, sin menoscabo de la realización de proyectos de investigación transversales de interés para diferentes áreas (ver más adelante), El objetivo de la estructura que se describe es proporcionar un esquema conceptual coherente sobre el que materialice la actividad científica cooperativa real que realicen los diferentes grupos de investigación. Naturalmente, la estructura que se propone es susceptible de los cambios que la evolución del CIBERNED aconsejen.